Rogue Galaxy es un juego de rol de acción ambientado en un universo de fantasía futurista, en el que el jugador se mueve a través de un entorno continuo sin tiempo de carga entre la exploración del mundo y las batallas. Las batallas ocurren como encuentros aleatorios, Rogue Galaxy utiliza un sistema de combate hack and slash en tiempo real en el que el jugador lucha con un grupo de tres personajes. El jugador tiene control directo sobre un solo personaje, aunque puede cambiar qué personaje es en cualquier momento. Los dos NPC luchan independientemente del personaje del jugador, según una estrategia seleccionada antes de la batalla. Las estrategias disponibles incluyen luchar de forma especialmente agresiva, apuntar a un enemigo específico o no luchar en absoluto. La estrategia también se puede cambiar en cualquier momento durante la batalla. Además, el jugador puede dar órdenes específicas a los NPC durante el combate, como pedirles que usen un objeto o activen una de sus habilidades especiales.