Aunque es esencialmente una nueva versión de la versión original de PlayStation de Wild Arms, Alter Code F trae una jugabilidad mejorada, gráficos mejorados y una historia ampliada a la PS2. Los jugadores toman el mando de tres compañeros improbables en un mundo surrealista y desolado llamado Filgaia. El joven huérfano Rudy tiene una habilidad única para vincularse físicamente con "ARM" o "Ancient Relic Machines", que parecen haber sido abandonadas por una civilización olvidada. La princesa fugitiva Cecelia puede comandar fuerzas mágicas y el espadachín Jack es experto en varios oficios. Estos tres "cazadores de sueños" buscan fortuna en el campo implacable y podrían terminar salvando al mundo entero en el camino. La aventura de rol incluye exploración del mundo y exploración intensa de mazmorras. Wild ARMs: Alter Code F es compatible con el disco duro de PlayStation 2, por lo que los jugadores veteranos de PS2 con consolas de modelos más antiguos y el accesorio de disco duro pueden cargar el gran programa de juego de dos DVD en el disco para reducir los tiempos de carga.