Flower, Sun, and Rain está ambientada en la isla turística de Lospass, en Micronesia, y está vagamente relacionada con los eventos de The Silver Case. La historia sigue a Sumio Mondo, un "buscador" que se gana la vida buscando cosas que la gente ha perdido. Inicialmente, Mondo es contratado para desactivar una bomba colocada en un avión, pero está tan distraído ayudando a los isleños que la bomba explota. Termina atrapado en un bucle temporal, donde revive el mismo día previo a la explosión. El juego se centra en Mondo explorando la isla, resolviendo acertijos numéricos con la ayuda de su computadora "Catherine" para resolver los problemas de la gente en Lospass.