Esta es la historia de un encuentro inesperado entre Mario y los irreverentes Rabbids. El Reino Champiñón ha sido destrozado por un misterioso vórtice, transportando a los Rabbids a la zona que alguna vez fue pacífica, fragmentando esta querida tierra. Para devolver el orden al Reino, Mario, Luigi, la Princesa Peach y Yoshi se unen a los héroes de los Rabbids en un viaje a través de cuatro mundos diferentes.