Mario & Luigi: Bowser's Inside Story es el tercer juego de la serie de juegos Mario & Luigi. Los jugadores controlan a Mario y Luigi simultáneamente en el entorno de plataforma de desplazamiento lateral del cuerpo de Bowser, mientras también controlan al mismísimo Rey Koopa en el mundo de arriba hacia abajo del Reino Champiñón. Al igual que en juegos como Earthbound, los encuentros con enemigos se ven como enemigos reales que los jugadores pueden evitar o intentar atacar temprano. Las batallas reales son una combinación de ataques de menú por turnos y reacciones cronometradas a los enemigos durante la batalla. Al observar la forma en que reacciona un enemigo, puedes anticipar su ataque y evitarlo o contraatacar.