La versión para PC de Final Fantasy IX presenta modelos de personajes de alta resolución, FMV mejorados y mejoras modernas como guardado automático, avance rápido y potenciadores de batalla. Admite entrada de controlador y de teclado/ratón. El lanzamiento de Steam también incluye logros y permite modificaciones creadas por la comunidad, incluido el popular Moguri Mod, que restaura fondos y audio de estilo original.