Super Bust-A-Move introduce algunos elementos nuevos a la serie (y elimina algunos otros): En ciertos niveles se encuentran burbujas grandes. Dispararles una burbuja del mismo color hace que cada burbuja en el nivel cambie a ese color. En algunos niveles, el puntero y las burbujas que se disparan son de un tamaño muy pequeño, lo que permite al jugador disparar burbujas entre espacios pequeños. Estas burbujas crecen hasta alcanzar un tamaño normal después de agruparse. Ocasionalmente, una cinta transportadora rodeará el nivel. Esto hace que rebotar en el techo y las paredes sea significativamente complicado, ya que la trayectoria de las burbujas cambiará al rebotar. Los niveles no siempre tienen la forma rectangular habitual. Algunos de ellos son irregulares o tienen paredes en su interior, lo que obliga al jugador a cambiar de estrategia. Aparecen pequeños bloques en algunos niveles. Cambian la trayectoria de las burbujas, como las paredes, pero bajan con el nivel y se caen cuando tocan la línea. El sistema de poleas introducido en Puzzle Bobble 4 no se ve por ninguna parte. Chain Reaction sólo está presente en batallas 2P, pero es completamente opcional.